Bei bakteriellen Infektionskrankheiten mit zu erwartenden schweren Verläufen wie Meningitis, Scharlach oder Lungenentzündungen ist der Einsatz sinnvoll und notwendig, allerdings können die Antibiotika nicht zwischen "guten" und "schlechten" Bakterien unterscheiden. Somit fallen auch nützliche Darmbakterien der Antibiotikumbehandlung zum Opfer. Pilze, allen voran Candida-Pilze, können sich somit ungehindert ausbreiten und die freien Bereich einnehmen. Folge ist eine gestörte Darmschleimhautflora und damit einhergehende Befunde wie Bauchschmerzen, Durchfall, Pilzerkrankungen, Nahrungsmittelunverträglichkeiten oder allergische Erscheinungen. Da über 70% der Immunabwehr im Darm angesiedelt ist und die Stimulation der immunbildenden Zellen über Darmbakterien erfolgt, kann eine Antibiose eine weitere Infektanfälligkeit nach sich ziehen.
Daher ist es wichtig, im Anschluss an eine Behandlung mit Antibiotika die Darmschleimhaut wieder mit den "guten" Darmbakterien (überwiegend Bifidobakterien und Lactobazillen) zu besiedeln.

Zellwandfreie Formen (CWD-cell wall defincient forms) können unter bestimmten Bedingungen nach einer Antibiotikum Behandlung im Körper weiterhin existieren, da bei der Behandlung nur die Zellwand des Bakteriums zerstörd wird. Bakterienbestandteile können so im Körper weiterhin existieren und für ein chronisches Geschehen sorgen. Für das Immunsystem sind diese CWD nicht erkennbar, da die Zellwand fehlt. Um dem Körper die Fähigkeit zur Erkennung der CWD zu geben, müssen den Immunzellen Teile der fehlenden Zellwand präsentiert werden.